当前，破解独立学院发展难题，一是要区分营利性和非营利性目的属性，对独立学院进行重新定位和分类管理；二是要明确非营利性独立学院“民办”性质的基本要素；三是要明晰学校法人财产与合理回报的确切内涵。要实现《教育规划纲要》提出的目标要求，需要从调动各利益相关者积极性、建立统一协调的政府管理机制、明晰相关法律政策解读、实行多样化分类指导、加强行政监管、完善大学章程和董事会制度等方面进行深入探索，进一步推进《独立学院设置与管理办法》的贯彻落实，强化独立学院的规范管理，促进民办高校的健康发展。
　　
调动积极性 调整建设方向
　　明晰法律法规法令的政策解读。《教育规划纲要》提出，要依法管理民办教育，积极探索营利性和非营利性民办学校分类管理。我国独立学院的民办性质不是针对其资产组成性质，而是指采用非经常性国家财政拨款支持的社会力量在办学，是体现机制上的民办性质，对非营利性的独立学院不应看成民办企业而应等同公办事业单位。营利性的独立学院可定性为私立大学，按民办企业的方式进行相应管理。具体讲：非营利性的民办学校作为公益性事业单位，应该享受公办学校同等待遇，法人登记应按事业单位获得身份确认。出资人要求有合理回报的，应视为与独立学院的借贷关系计入学校办学成本，在协议中明确回报方式，包括回报的时限和数额；非营利性学校的法人财产应作为公益性法人财产属于国家教育事业的公有财产而加以严格管理和监督。营利性独立学院应按新制定的条款执行。
　　充分调动独立学院发展中各利益相关者的积极性。建议引导、鼓励、扶持部分由教育集团和私人全额出资举办的独立学院向营利性学校发展，制定营利性民办学校的相关政策，给予国家扶持民营企业发展初期的类似优惠政策；对非营利性民办学校作为公益性事业应当依法享受与公办学校同等待遇，包括税收和其他优惠政策。各级政府应该有专项经费支持各类独立学院，包括营利性和非营利性学校。鼓励全社会各种形式的主体参与独立学院的办学，包括地方政府、民间出资人、主办学校和社会各方，调动全社会参与办学的积极性。
　　建立统一协调的政府管理机制。建议由国务院牵头，根据《教育规划纲要》，在修订和完善《民促法》的同时，所涉及的教育、人事、税务等相关部门做出相应的法规修订，区别营利性和非营利性民办学校的不同定位，制定相应政策，尤其是解决独立学院在土地、税收、法人登记等方面的问题，落实教师待遇等与公办学校同等待遇的相关政策。
　　实行多样化分类指导，明确不同类型独立学院的发展规范和调整方向。建议独立学院发展上实行“政府主导、分类管理，一省一策、一校一议，因地制宜，属地管理”。我国的独立学院在不同省份、不同学校都有很大差异，每所学校都存在独特的个性。有必要从促进和完善独立学院的发展角度，实事求是地处理每所独立学院发展中存在的实际问题，以推动《26号令》的有效落实。部分独立学院可以收归国有，有些独立学院可以由当地政府支持转为公办大学。转为民办学校的独立学院，要对其办学资质进行严格审核，评估其办学质量的保障体系，重新确定其办学层次，部分达不到标准的应转为专科层次或培训机构。由母体学校单独举办的校中校性质的独立学院，应着重与母体学校管理上的实质性剥离，引导其与母体学校错位发展。
　　发挥教育部门和地方政府各自的积极性，加强对独立学院健康发展的有效管理。地方政府在制定“十二五”规划和落实《教育规划纲要》时，应将落实独立学院健康发展纳入其中，并给予相应扶持。特别要健全政府教育部门对民办教育包括独立学院的专门管理机构和相应职能管理体系。

加强监督 鼓励多元化办学
　　在落实《独立学院设置与管理办法》的过程中，重点应放在资产评估过户和学校法人财产的监管上，特别是无形资产的评估和区分实际投资的资产与滚动发展的资产。对无法过户的土地及建筑资产要有合法的使用协议书；对要求回报的出资人和举办学校必须有明确回报方式、回报时限的协议合同；对拟举办营利性独立学院的学校，对已形成的滚动发展的资产归属上可给予政策上倾斜，但必须对其办学资质重新评估、认定。
　　加强对独立学院法人财产权的监督和管理。重点是完善董事会制度，明晰董事长和董事的界限，避免董事会成员直接干预学校的内部办学、挪用学校资产。完善董事会对公益性事业的法人财产监督机制，包括来自政府的监督管理。密切关注转设、转让和停办过程中可能面临的独立学院作为教育公益性资产的流失问题。并对转设学校办学资质重新审核。
　　对非营利性独立学院资产投入、办学方式应允许多元并存，鼓励多种模式办学。关键是明晰学校法人资产的资本构成，建立政府和学校内部对学校法人财产和现金流的监管机制，防范资产流失。
　　进一步明确营利性和非营利性的民办学校的身份定位。给予非营利性独立学院与公办学校同等的法律地位，并参照公办学校理顺教育行政管理；应鼓励其继续多方筹措资金，包括政府支持和社会捐赠，保证学校持续健康发展。